Tras la expulsión de los jesuitas de la Nueva España en 1767, sus edificios, haciendas, conventos, casas y colegios -incluido el Hospicio de la Santísima Trinidad de Guanajuato- fueron confiscados junto con los objetos de culto, muebles, obras de arte, papeles y libros que se hallaban en su interior para ser puestos bajo el resguardo de una oficina real denominada Junta de Temporalidades.

Después de permanecer cerrado casi dos décadas, en 1785 las autoridades encomendaron el hospicio a los sacerdotes del Oratorio de San Felipe Neri, quienes continuaron dignamente con la labor de enseñanza bajo el nombre de Real Colegio de la Purísima Concepción.

Durante este periodo será fundamental la labor del guanajuatense Marcelino Mangas de la Rabia, quien durante los difíciles años de la guerra entre insurgentes y realistas tomó la determinación de seguir impartiendo las cátedras sacrificando sus escasos recursos en la adquisición de los materiales de enseñanza y habilitando como aula su humilde habitación.

En 1821, al consumarse la independencia nacional, se decreta que la educación superior debía de ser costeada por el Estado iniciándose así una nueva etapa en la historia del centro educativo que culmina en 1870 cuando, tras el triunfo del gobierno liberal sobre las facciones conservadoras e imperialistas, es elevado a la categoría de Colegio del Estado de Guanajuato, denominación que mantendría hasta su transformación en Universidad de Guanajuato en el año de 1945.